法律分析：动物防疫条件合格证这样办理：
1、当事人要带证明材料，到县级以上地方兽医主管部门提出申请；
2、受理申请的兽医主管部门按行政许可法进行审查；
3、经审查合格的，发给动物防疫条件合格证。不合格的，应当通知申请人并说明理由；
4、要办工商登记的，申请人凭动物防疫条件合格证，向工商行政管理部门申请登记注册。
法律依据：《动物防疫条件审查办法》
第二十七条 本办法第二条第一款规定场所建设竣工后，应当向所在地县级地方兽医主管部门提出申请，并提交以下材料：
（一）《动物防疫条件审查申请表》；
（二）场所地理位置图、各功能区布局平面图；
（三）设施设备清单；
（四）管理制度文本；
（五）人员情况。
申请材料不齐全或者不符合规定条件的，县级地方兽医主管部门应当自收到申请材料之日起5个工作日内，一次告知申请人需补正的内容。