南京信息工程大学研究生院前身是南京气象学学院研究生处，自2004年南京气象学院更名为南京信息工程大学后，改名为南京信息工程大学研究生院。南京信息工程大学研究生院已经在18个学院招收研究生院，在6个学院招收博士研究生。