员工劳动仲裁公司处理如下：
1、主动与申请人进行协商，尽量达成一致意见；
2、协商不成时，可以通过请求当地劳动部门联系沟通，请求他们居间进行协调；
3、如果是必须走到劳动仲裁庭时，主动配合劳动仲裁部门提交答辩书，及参加仲裁庭审；
4、加强公司人事管理，对新进的员工一律签订书面劳动合同，明确双方权利义务，并且到劳动部门备案，严格执行劳动相关法律法规。
员工离职恶意仲裁后如何应对？
企业如果发现员工恶意仲裁的，可以先与员工协商。协商不成的，可以积极收集证据，应诉仲裁，利用证据来反击。如果对劳动仲裁不服的，部分情况下还可以向提起上诉。
综上所述，一般会先沟通，沟通不成则直接开庭为主的。当员工提出劳动仲裁后，劳动部门是先电话单位负责人沟通了解情况，顺便会咨询单位处理方式。如果单位认为自己没有过错，一般都会直接选择开庭处理，收集相关的资料准备开庭的材料。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第九条
用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。